El Consejo Hondureño de Ciencia y Tecnología (COHCIT) es el organismo público dependiente de la Presidencia de la República que tiene a su cargo la dirección, coordinación y evaluación del sistema de ciencia y tecnología. El COHCIT es dirigido por un Comisionado Nacional de Ciencia y Tecnología, designado por el Presidente de la República con el mismo carácter administrativo que los secretarios de Estado, y cuenta con un consejo directivo integrado por representantes de los sectores gubernamental, académico-científico y empresarial. Ha concentrado sus esfuerzos en el fortalecimiento de su capacidad técnica e institucional, buscando adquirir efectividad en la ejecución de una política científica y tecnológica para la innovación y obtener un espacio legítimo y prioritario para lograr acceso al financiamiento.   

El COHCIT busca impulsar el desarrollo mediante un programa de capacitación y desarrollo del Recurso Humano Nacional y un programa de inversión tecnológica que permita dinamizar el desarrollo en este campo así como la innovación en el sistema productivo. Este programa busca lograr una masa crítica mínima en términos de base física, capacidad tecnológica y humana, financiamiento de la innovación empresarial y estructuras institucionales para apoyar la iniciativa nacional. Incluye actividades de promoción y gestión del desarrollo de la ciencia y la tecnología tales como capacitación, creación de fondos de asistencia para la innovación tecnológica de la pequeña y mediana empresa, transferencia de tecnología, y promoción de la organización de comisiones sectoriales para el desarrollo científico y tecnológico de los sectores productivos y sociales como ser agrícola, salud, medio ambiente, energía, educación y empresa.    

Existen, por otra parte, diversas entidades que ejecutan las actividades de CTI. Entre éstas, las universidades juegan un papel preponderante, ejecutando la mayoría del presupuesto. También se destaca el Ministerio de Agricultura y Ganadería, que a través de su Dirección de Ciencia y Tecnología Agropecuaria (DICTA) ejecuta actividades de investigación relacionadas con las áreas prioritarias definidas. En el año 2002 se crea la Comisión Nacional de Competitividad como órgano ad hoc de consulta del poder ejecutivo en materia de competitividad. Opera a través de la Fundación para la Inversión y Desarrollo de las Exportaciones (FIDE). En el 2008 se hace efectivo el Decreto Ejecutivo PCM-013-2008, que establece que el COHCIT es el órgano rector en el campo del desarrollo científico, tecnológico e innovación del país, y le corresponde la promoción y coordinación de las actividades de CTI que realice el sistema de CTI. En relación con la legislación anteriormente vigente la nueva legislación introduce los siguientes cambios: la Dirección del COHCIT se eleva a la categoría de Ministerio; y, se introduce el componente de la Innovación entre las responsabilidades del COHCIT.