La Ley 13 prevé su puesta en funcionamiento, con la misión de financiar las actividades científico-tecnológicas y los proyectos de I+D e innovación. Sus fondos provendrán del Estado, en especial del Fondo Fiduciario para el Desarrollo, y de otras fuentes nacionales y extranjeras. En la actualidad están en análisis los aspectos referentes a su organización y gestión. En el mes de julio de 2005 se reglamentó mediante Decreto Ejecutivo la administración por parte de la SENACYT de los recursos que integran dicho Fondo Nacional. 

Sus fondos serán destinados a la inversión en investigación, desarrollo científico-tecnológico e innovación en las distintas áreas de ciencia y tecnología, y en particular para:

1. financiar inversiones, programas y proyectos contemplados dentro de las líneas de acción establecidas por la SENACYT;
2. financiar inversiones, programas y proyectos contemplados dentro de los planes de otras entidades públicas o privadas, dentro del esquema que apruebe la SENACYT;
3. propiciar y financiar la divulgación apropiada de las oportunidades de financiamiento para inversiones, proyectos de ciencia, tecnología e innovación, asegurando el acceso a la información para todos los potenciales interesados;
4. asegurar el seguimiento y control de los proyectos financiados mediante sus recursos a través del establecimiento de un registro que permita controlar la distribución de los recursos y generar la información estadística que permita orientar la toma de decisiones.