El Sistema Boliviano de Innovación (SBI) comprende al conjunto de actores de Ciencia, Tecnología e Innovación (CTI) que trabajan en forma coordinada, generando soluciones integrales a problemas productivos, sociales y ambientales, con un enfoque de desarrollo participativo, equitativo y sustentable. En primer lugar, el Viceministerio de Ciencia y Tecnología (VCyT), organismo dependiente del Ministerio de Planificación para el Desarrollo, es la institución responsable del diseño e implementación del SBI. Es responsable de la planificación  y del apoyo al desarrollo de actividades  de ciencia y tecnología. Por otro lado, en 2001 se crea la Comisión Interministerial de Ciencia, Tecnología e Innovación (CIMCITI), que es el órgano que formula la política de CTI en Bolivia. La misma está presidida por un delegado del Presidente de la República e integrada por los Ministerios de Educación, Cultura y Deporte; Desarrollo Sostenible y Planificación; Desarrollo Económico; Hacienda; Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural; Salud y Previsión Social, respectivamente.

En cuanto a la configuración institucional, la Ley de Fomento de la Ciencia Tecnología e Innovación Nº 2209 dispone la creación de la Comisión Interministerial de Ciencia, Tecnología e Innovación (CIMCITI) como órgano rector de la política científica, tecnológica e innovación en Bolivia y de la Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología e Innovación como órgano de dirección, coordinación y gestión de las acciones definidas en la política científica, tecnológica y de innovación, las mismas que dependen de la Presidencia de la República. Además de estos dos órganos, la Ley dispone también la constitución de órganos asesores; el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología y los Consejos Departamentales de Ciencia y Tecnología.

Para la aplicación plena de la Ley 2209 se requiere la aprobación del correspondiente Reglamento. Se cuenta, a la fecha, con un proyecto de Reglamento elaborado con una amplia participación de los diferentes operadores de ciencia, tecnología e innovación del país. En este contexto, la organización y consolidación de los órganos cuya creación dispone la Ley, ha encontrado dificultades para efectivizarse plenamente, por lo que ipso facto continúa vigente el régimen de transitoriedad establecido mediante Decreto Supremo 24967 del año 1998, que designa al Viceministro de Educación Superior Ciencia y Tecnología como Secretario Ejecutivo del CONACYT y la Dirección General de Ciencia y Tecnología constituye su brazo ejecutivo.

En cuanto a la ejecución de las actividades de CTI, se realiza a través de dos mecanismos. En primer lugar, a través de la Unidad Técnica del SBI (UT-SBI), que tiene como principales funciones ejecutar las políticas definidas por la VCyT. A nivel operativo las funciones de  la Unidad Técnica (UT-SBI) se concentran en el apoyo a las Plataformas de Innovación mediante la elaboración de proyectos de innovación. En segundo lugar son las universidades que ejecutan el 80% de las actividades de I+D. El sistema universitario está conformado por 10 universidades públicas más la Universidad de Católica Boliviana y la Escuela Militar de Ingeniería.

A su vez, la Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología e Innovación (SENACIT) es el órgano de dirección, coordinación y gestión de las acciones definidas en la política científica, tecnológica y de innovación. Tiene que elaborar el presupuesto anual para el financiamiento de las actividades de CTI y depende de la Presidencia de la República. Por otra parte, está en proceso de creación un Fondo en Innovación único e integrado que atenderá las plataformas priorizadas con recursos provenientes de la cooperación internacional, aportes del sector privado y/o recursos propios. Otro pilar del SBI previsto en la Ley es el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología. Su propósito es proponer los lineamientos, estrategias y disposiciones legales en materia de ciencia, tecnología e innovación, elaborar el Plan Nacional de CTI; coordinar, realizar el seguimiento y evaluar las actividades definidas en el Plan Nacional de CTI; y, gestionar recursos de la cooperación técnica y financiera nacional e internacional para el fomento de la ciencia y la tecnología, en coordinación con el Ministerio de Hacienda.