Es un organismo público autárquico, de composición mixta y dependiente de la Presidencia de la República, encargado de dirigir y coordinar el funcionamiento del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología, Innovación y Calidad, así como de apoyar el desarrollo científico y tecnológico del país, orientado por políticas y programas específicos impulsados por el sector público y debidamente coordinados con el sector privado.

En el CONACYT toman parte las siguientes instituciones:

• Secretaría Técnica de Planificación Económica y Social de la Presidencia de la República (STP)

• Ministerio de Industria y Comercio (MIC), a través del Instituto Nacional de Tecnología y Normalización (INTN)

• Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG)

• Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social (MSPyBS)

• Ministerio de Educación y Cultura (MEC)

• Universidades públicas

• Universidades privadas

• Federación de la Producción, de la Industria y el Comercio (FEPRINCO)

• Unión Industrial Paraguaya (UIP)

• Asociación Rural del Paraguay (ARP)

• Asociación de las Pequeñas y Medianas Empresas (APYME)

• Asociación Paraguaya para la Calidad (APC)

• Sociedad Científica del Paraguay

• Centrales Sindicales de Obreros

Operativamente, el CONACYT cuenta con una Secretaría Ejecutiva subordinada al Consejo y dos direcciones: de Gestión Tecnológica e Innovación, y de Desarrollo Científico y Formación de Recursos Humanos.