La Ley Nº 2209 de Fomento de la Ciencia, Tecnología e Innovación, promulgada el 8 de junio de 2001, constituye el marco legal del Sistema Boliviano de Innovación (SBI). Esta ley define las competencias de las instituciones participantes en ciencia, tecnología e innovación (CTI) y establece los mecanismos de cooperación y financiamiento en el sector.

En particular, se destacan dos artículos: Artículo 28 de la Ley 2209-2001: dispone que las entidades públicas o privadas podrán asociarse entre sí o con particulares nacionales o extranjeros para realizar actividades científicas, tecnológicas y de innovación destinadas a la ejecución del Plan Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación.

Artículo 35 de la Ley 2209-2001: establece que los fondos públicos de financiamiento sectorial y social deberán implementar líneas de crédito específicas para la investigación científica y el desarrollo tecnológico en los sectores correspondientes.

Posteriormente, mediante el Decreto Supremo Nº 0429, se incorpora al Viceministerio de Ciencia y Tecnología dentro de la estructura del Ministerio de Educación, con la siguiente organización: Dirección General de Ciencia y Tecnología Dirección General de Tecnologías de la Información y Comunicación Además, el Plan Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación constituye el instrumento de planificación estratégica para el desarrollo del sector.

En años recientes, se creó el Fondo de Desarrollo de la Ciencia y Tecnología (FONDECYT), incorporado en la Ley Nº 1493 (2022) y reglamentado por el Decreto Supremo Nº 5092 (2023), destinado a financiar proyectos de investigación en universidades públicas, privadas e institutos técnicos tecnológicos.